伽利略可能比任何其他的人更有資格稱(chēng)為近代科學(xué)的奠基人。其與天主教會(huì)名聞遐邇的沖突是他哲學(xué)的中心事件。這是因?yàn)橘だ允亲魅缦抡摂嘧钤绲娜酥唬喝祟?lèi)有望理解世界是怎樣運(yùn)行的，而且我們還能通過(guò)觀察現(xiàn)實(shí)世界來(lái)做到這一點(diǎn)。

伽利略很早就相信哥白尼理論（即行星繞太陽(yáng)公轉(zhuǎn)），但只有當(dāng)他發(fā)現(xiàn)了證據(jù)來(lái)支持這一學(xué)說(shuō)時(shí)，才公開(kāi)表示支持。他用意大利文寫(xiě)有關(guān)哥白尼理論的文章（沒(méi)有用普通的學(xué)院式拉丁文），并且他的觀點(diǎn)很快就廣泛地得到大學(xué)界之外的支持。這惹怒了亞里士多德派的教授們，他們聯(lián)合起來(lái)反對(duì)他，并極力說(shuō)服天主教會(huì)禁止哥白尼主義。

伽利略為此而擔(dān)心，他趕到羅馬去向天主教權(quán)威當(dāng)面申訴。他爭(zhēng)辯道，《圣經(jīng)》并未試圖告訴我們?nèi)魏侮P(guān)于科學(xué)理論的東西，通常都是假定，當(dāng)《圣經(jīng)》和常識(shí)發(fā)生矛盾時(shí)，就成為比喻。但是教會(huì)害怕這丑聞可能傷害它對(duì)新教徒的斗爭(zhēng)，所以采取了鎮(zhèn)壓的手段。1616年，它宣布哥白尼主義是“虛偽的、錯(cuò)誤的”，并命令伽利略不準(zhǔn)再“保衛(wèi)或堅(jiān)持”這一學(xué)說(shuō)。伽利略勉強(qiáng)接受了。

1623 年，伽利略的一位長(zhǎng)期朋友成為教皇。伽利略立即試圖為1616年的判決翻案。他失敗了，但他設(shè)法獲得了準(zhǔn)許，在兩個(gè)前提下寫(xiě)一本敘述亞里士多德派和哥白尼派理論的書(shū)：他不能有傾向，同時(shí)要得出結(jié)論，人類(lèi)在任何情況下都無(wú)法決定世界是如何運(yùn)行的，因?yàn)樯系蹠?huì)以人類(lèi)不能想像的方法來(lái)達(dá)到同樣的效果，而人類(lèi)不能限制上帝的萬(wàn)能。

這本題為《關(guān)于兩個(gè)主要世界體系的對(duì)話》的書(shū)，于1632 年在檢查官的全面支持下完成并出版了，并且立刻被全歐洲歡呼為文學(xué)和哲學(xué)的杰作。不久教皇就意識(shí)到，人們把這本書(shū)看作是確認(rèn)哥白尼主義的論證，后悔允許該書(shū)出版。教皇指出，雖有檢查官正式批準(zhǔn)出版該書(shū)，但伽利略依然違背了1616年的禁令。他把伽利略帶到宗教法庭面前，宣布他終身軟禁，并命令他公開(kāi)放棄哥白尼主義。伽利略又第二次被迫從命。

伽利略始終是一個(gè)忠實(shí)的天主教徒，但是他對(duì)科學(xué)獨(dú)立的信仰從來(lái)未被動(dòng)搖過(guò)。1642年，即他逝世前４年，當(dāng)他仍然被軟禁時(shí)，他第二本主要著作的手稿被私下交給一個(gè)荷蘭的出版商。正是這本被稱(chēng)為《兩種新科學(xué)》的書(shū)，甚至比支持哥白尼更進(jìn)一步，成為現(xiàn)代物理學(xué)的起源。